农业补贴倾向合作社方面，通知指出，由财政部会同发展改革委、农业部、水利部、林业局、粮食局等部门，负责落实关于继续增加农业补贴资金规模，新增补贴向主产区和优势产区集中，向农民合作社等新型生产经营主体倾斜。

鼓励和支持承包土地向农民合作社流转方面，农业部会同中央农办、法制办、国土资源部、林业局等部门，对“坚持依法自愿有偿原则，引导农村土地承包经营权有序流转，鼓励和支持承包土地向专业大户、家庭农场、农民合作社流转，发展多种形式的适度规模经营等”问题，将进行研究并提出落实意见。

税收方面，“完善合作社税收优惠政策，把合作社纳入国民经济统计并作为单独纳税主体列入税务登记，做好合作社发票领用等工作”的问题，由财政部、税务总局、统计局会同农业部、林业局等部门负责落实。

此外，农业部将会同法制办等部门，对“抓紧研究修订农民专业合作社法”的问题，研究提出落实意见。